电机资讯学院

电机工程学系暨研究所

资讯工程学系暨研究所

电子工程研究所

通讯工程研究所

光电工程研究所

资讯系统与应用研究所

理学院

数学系暨研究所

物理学系暨研究所

化学系暨研究所

统计学研究所

工学院

动力机械工程学系暨研究所

化学工程学系暨研究所

材料科学与工程学系暨研究所

工业工程与工程管理学系暨研究所

微机电系统工程研究所

生命科学院

生命科学系

生物科技研究所

分子医学研究所

分子与细胞生物研究所

生物资讯与结构生物研究所

人文社会学院

人文社会学系

中国文学系暨研究所

外国语文学系暨研究所

经济学系暨研究所

历史研究所

语言学研究所

人类学研究所

社会学研究所

哲学研究所

台湾文学研究所

原子科学院

原子科学系暨研究所（2006年起改名为“生医工程与环境科学系”）

工程与系统科学系暨研究所

科技管理学院

计量财务金融学系

科技管理研究所

科技法律研究所

研究中心

原子科学技术发展中心

材料科学中心

电脑与通讯科技研发中心

生物工程中心

科学仪器中心

贵重仪器中心

国家理论科学中心

积体电路设计技术研发中心

科技与社会研究中心

纳米与微系统研究中心

光电研究中心

清大/工研院联合研究中心

当代中国研究中心

高等教育研究中心

能源与环境研究中心

脑科学研究中心