截止1991年4月，墨国大的学术单位包括14个系、交叉学科部、4个专业学院、文理学院、9个预科学校、函授部、自然科学研究协调委员会、人文科学研究协调理事会、文化传播协调委员会、167个图书馆以及出版社。

在14个系中有13个系集中在大学城内，它们是：建筑学系、自然科学系、政治-社会科学系、会计与管理系、法律系、经济学系、哲学与文学系、工程学系、兽医学与动物饲养学系、牙科学系、心理学系和化学系。

交叉学科部

该部成立于1973年，现已拥有5个专业研究学院。瓜乌蒂特兰专业研究学院亦称为高级专业研究系，设9个本科生专业，3个专业学位专业、5个大学师资专业和一个博士生专业。

造型艺术学院

它的前身是1867年命名的国立美术学院，1929年分为国立建筑学院和国立造型艺术学院。开设3个本科生专业、3个专业学位专业和1个大学师资专业。此外，学院还拥有两个画廊和一个音乐厅（可容纳430人）。

音乐学院

该学院创建于1929年。开设6个技术专业和6个本科生专业，本科生为165人。

护理学与产科学学院

它的前身是1907年成立的护理学院，1911年划归医学系，1948年独立成院并改称现名。

社会工作学院

1940年4月，当时的法律与社会科学系根据一批律师和医生的倡议，开办了一门新的技术专业-社会工作。时隔不久，即作为本科生专业招生。

文理学院

该学院坐落在大学城，下设5个中高等专科学校和研究生学术部。研究生学术部的主要任务是协同有关学科的研究所、研究中心等学术单位，培养本科生、专业学位生、大学师资和博士生，开设的本科生专业只有一个，另有5个专业学位专业，11个大学师资专业和7个博士生专业。

预科学校委员会

1867年12月2日根据马克西米利亚诺·德阿布斯布尔戈皇帝的手谕创办了一所预科学校，当时主要是为土生白人所设。1910年，波菲利奥·迪亚斯总统下令将预科学校划归当时的墨西哥皇家教会大学。该委员会在首都联邦区共办有9个国立预科学校，学制全为3年。

函授部

墨国大的函授教育体系共开设以下17个专业：经济学、管理与会计、新闻、通讯、社会科学与公共管理、牙科学、护理学、法律、哲学、历史、地理、西班牙语言与文学、英国语言与文学、教育学、心理学、社会学、国际关系。

自然科学研究协调委员会

主要工作是协调和推动15个研究所、8个研究中心和4个科研规划组之间的各项具体工作，同时还负责这些机构同校内外平行机构或个人之间的联系和协调。15个研究所是：天文学研究所、生物学研究所、地球物理研究所、地质研究所、地理研究所、工程学研究所、数学研究所、化学研究所、生物医学研究所、材料科学研究所、应用数学与分类法研究所；8个研究中心是：大气科学中心、生态学中心、乐器中心、技术革新中心、自然科学与人文科学信息中心、固氮研究中心、遗传工程学与生物工艺学中心、通讯学中心；4个科研规划组是：食品组、卫生调研组、能源组、空间调研与开发组。

人文科学研究协调委员会

该委员会和人文科学技术委员会也是根据1945年的校机构法成立的学术单位。9个研究所是：人类学研究所、文献学研究所、经济研究所、美学研究所、语言学研究所、哲学家研究所、历史研究所、法学研究所、社会研究所；6个研究中心是：拉丁美洲研究协调与传播中心、大学研究中心、人文交叉学科研究中心、图书馆学研究中心、地方交叉学科研究中心、美国研究中心。

文化传播协调委员会

文化传播机构有：电台与电视台；5个文化娱乐委员会：分别是电影、音乐、戏剧、舞蹈和文学委员会；5个文化开发中心：外语教育中心、留学生教育中心、电影研究中心、戏剧中心、音乐启蒙中心、博物馆学咨询中心。